Rockman X3 ในปี 21XX Mavericks ได้รับการทำให้เป็นกลางด้วยความพยายามของนักวิทยาศาสตร์ Reploid ชื่อ “Dr. Doppler” การใช้คอมพิวเตอร์ Neuro ของเขาเขาสามารถปราบปรามพฤติกรรมที่ผิดปกติใน Reploids และป้องกันไม่ให้พวกเขาสับสนได้ Reploids ที่ทันสมัยที่สุดจำนวนมากได้รวมตัวกันใกล้ที่ปรึกษาคนใหม่ของพวกเขาและก่อตั้ง “Dopple Town” ซึ่งเป็นชุมชนแบบยูโทเปียที่สมบูรณ์แบบ กับดร. Doppler แนะนำพวกเขาโลกดูเหมือนจะพร้อมที่จะเข้าสู่ยุคทองใหม่ … ไม่กี่เดือนต่อมา Mavericks ที่ควรจะได้รับการทำให้เป็นกลางโดย Neuro คอมพิวเตอร์ก็ปรากฏตัวและเริ่มจลาจล … ที่ไม่ฝักใฝ่ฝ่ายใด สำนักงานใหญ่ของเธ่อปัญญาทั้งหมดระบุว่าดร. ดอปเลอร์เป็นผู้บงการเบื้องหลังการรุกราน ในไม่ช้าโทรออกไปที่ X และ Zero เพื่อทำลาย Mavericks ที่บุกรุกและนำ Dr. Doppler ไปสู่ความยุติธรรม ไม่กี่ชั่วโมงต่อมาการติดต่อฉุกเฉินเกิดจากสำนักงานใหญ่ของ Maverick Hunter พวกเขาอยู่ภายใต้การโจมตีจากพลัง Doppler X และ Zero กลับคืนสู่ฐานทันทีเพื่อหยุดการโจมตี
