ในประเทศญี่ปุ่น คินดะอิจิ กับคดีฆาตกรรมปริศนาลงตีพิมพ์เป็นตอน ๆ ในนิตยสาร โชเน็นแม็กกาซีน ของสำนักพิมพ์โคดันฉะ ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2535 และตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายจนถึงตอนนี้เป็นจำนวน 52 เล่ม แบ่งเป็นฉบับ “ไฟล์” 27 เล่ม 19 คดี ฉบับ “เคส” 10 เล่ม 7 คดี ฉบับ “ชุดแฟ้มคดีพิศวง” 6 เล่ม 17 คดี ฉบับ “ชุดสารวัตรอาเคจิ” 2 เล่ม 7 คดี และฉบับ “ชุดไฟล์ฉบับใหม่” 14 เล่ม 8 คดี “ชุดคดีฉลองครบรอบ 20 ปี” 5 เล่ม 3 คดี และฉบับล่าสุด “อาร์” ซึ่งในขณะนี้ 10 เล่ม 8 คดี สำหรับประเทศไทยผู้ได้รับลิขสิทธิ์ในการตีพิมพ์คือสำนักพิมพ์วิบูลย์กิจ เริ่มแรกตีพิมพ์เป็นรายสัปดาห์ในนิตยสาร KC WEEKLY ภายหลังเปลี่ยนเป็นรายสะดวก ตีพิมพ์รวมเล่มออกจำหน่ายแล้ว 75 เล่ม และปัจจุบันสามารถหาอ่านแบบหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ (อีบุ๊ค) อย่างถูกกฎหมายผ่านเว็บไซต์ของวิบูลย์กิจ ทั้งแบบรวมเล่ม และตอนรายสัปดาห์
